Не думаю, что я тут самый компетентный... Впрочем, ладно.
 
Мне кажется, что не стоило вам делить целых три классификатора на подветви. Это очень важное решение и оно, собственно, вас и привело к тому, о чём вы пишете.
 
Обратите внимание: в первой версии только один классификатор имеет такое деление (статьи), остальные два не подразделяются на приходы/расходы/переводы. И этого вполне достаточно.
 
Представим на секундочку, что вы сделаете аналогично: разделите на ветви только свой первый классификатор, а именно, "Статьи бюджета". Ведь это никак не нарушит вашего учёта! Допустим, вам понадобилось посмотреть только приходы по некоторому проекту. Тогда в фильтрах (в диаграмме) вы просто выбираете нужный вам проект, а в поле для ввода статьи бюджета вы выбираете значение "Все статьи прихода". И, собственно, получите нужный результат.
 
Вообще, я допускаю, что в одной базе может быть несколько классификаторов, разделённых на ветви (в противном случае я просто ввёл бы ограничение в программу). Но делать это нужно очень осторожно. И критерием выбора, может ли данный классификатор быть разделённым на ветви, имхо, может быть ответ на вопрос: "Возможно ли, чтобы одно и то же значение классификатора (конкретный агент, проект) участвовал и в операциях прихода и в операциях расхода в одной и той же базе?". Если ответ на этот вопрос положительный, данный классификатор нельзя делить на ветви. Если отрицательный - можно.
 
Это лично мой подход, мне кажется, что он довольно логичен. Однако, я готов выслушать и другие мнения.